Незадовољан статусом, прелази у КК Партизан, који је у то време тренирао Душко Вујошевић. Међутим, пошто није добио исписницу од свог бившег клуба, годину дана није могао да игра за Партизан. У лето 1987. је уписао средњу школу у америчком градићу Коквил у држави Тенеси. Овде је провео седам месеци, а онда се вратио у Југославију. За Партизан је дебитовао 1989. и са њим освојио Куп Југославије победом над сплитском Југопластиком и Куп Радивоја Кораћа победом у финалу против италијанског Вивом Визмаром из Кантуа. После само једне сезоне у првом тиму, ондашњи селектор Душан Ивковић га је позвао репрезентацију за Европско првенство 1989. у Загребу, на ком је Југославија лако дошла до златне медаље. Због повреде је пропустио Светско првенство 1990. у Аргентини, али је на Европском првенству 1991. у Риму освојио своје друго злато. Следеће сезоне, тим Партизана, чији је просек година био 21,7 година, предвођен Сашом Ђорђевићем и Предрагом Даниловићем и доскорашњим капитеном Жељком Обрадовићем на месту тренера, је освојио Куп европских шампиона победом на Хувентудом 71:70, иако је Партизан због рата у бившој Југославији, само четвртфиналну утакмицу против Кнора одиграо пред својим навијачима. Даниловић је проглашен за најбољег играча фајнал-фора. Исте године је освојена дупла круна у домаћем првенству. Голден Стејт Вориорси су га изабрали као 43. пика на драфту 1992. године. Италија Даниловић је у сезони 1992/1993 прешао у за 1,7 милиона долара на две године прешао Кнор, а после је продужио уговор на још једну сезону за 1 милиона долара. За ове три године је освојио три првенства Италије. Са репрезетнацијом је освојио Европско првенство 1995. у Атини победом над Литванијом 96:90, након три године одсуствовања са међународне сцене због санкција. FIBA га је 1995. прогласила за најбољег кошаркаша Европе те године.
